算法争先 AI助力基因检测

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人工智能在新冠肺炎抗击肺炎疫情，主要是以温度测量和无人值守的方式。即使在临床方向，如ct智能诊断，也很少有像阿里达摩研究所的算法专家顾斐这样的经验，他去疾控中心支持基因检测。自1月28日以来，顾斐已经在疾控中心战斗了一个多月。这是顾斐的第一个现场支持合作伙伴。因为他和他的团队将病毒检测的速度从几个小时缩短到半个小时，而病毒拼接的速度从30-60分钟缩短到15-30分钟。国家防疫、病毒基因测序和疫苗/药物研发是无形的战场。在工业和信息化部的倡议下，这两个结论也为人工智能产业未来的研究方向提出了新的建议。

“第一次现场支持比‘996’更难。”

1月28日(元旦)，阿里达摩医院主动联系浙江疾控中心。“我们和我们的合作伙伴(杰毅生物)希望在过去捐赠一套设备，帮助疾病预防控制中心建立一个全基因组检测和分析平台，以加快分析速度。”顾斐回忆道。

事实上，自疫情爆发以来，哈佛医学院的博士后研究员和他的团队一直密切关注。他的主要工作是利用人工智能研究疾病和基因突变之间的关系。目前，他负责阿里达摩医院医学人工智能团队的基因研究和开发。这种特殊的交集使得顾斐和他的团队总是希望有机会帮助一线员工。

对接后的第四天，浙江省疾控中心、阿里达摩研究所和杰毅生物技术公司推出了全基因组自动化检测和分析平台，将疑似病例的基因分析时间从数小时缩短至半小时。

顾斐说:“我们在基因研究和算法方面一直有技术储备，我们在去现场之前已经准备好了基因测序计划。”一个插曲是，在正式合作的早期阶段，阿里巴巴云和其他后台团队已经完成了建立网络和设置服务器的工作，数百人提供了支持。

这种跨部门合作在短时间内是罕见的。在后来的实际合作中，顾斐和团队也遇到了许多第一次和意想不到的时候。

“这是我第一次个人现场支持。以前，他们中的大多数只需要负责在线数据分析。”顾斐说。从1月28日开始，他每天都要与疾病预防控制中心和公司打交道。工作时间是从早上8: 30到第二天凌晨1: 00，每天在家里和疾控中心都是凌晨2: 11。

在谈到工作条件的变化时，顾斐坦言，“工作时间比‘996’时要长，刚开始的时候我有点累”，但我也感到“有点兴奋，因为我有责任感”。

"在基因测试被计算在内之前，现在已经超过10个小时了."

这种工作将持续一段时间，因为人工智能和遗传学领域是高度专业化的，这项工作必须属于顾斐。

谈到工作，系统调整是主要内容，也是他和他的团队这次遇到的意外。

据了解，全基因组自动化检测分析平台由阿里达摩研究所和杰毅生物联合开发，可为浙江省疾控中心提供新型冠状病毒疫情防控的自动化数据库建设和分布式计算分析能力。

其中，杰毅生物开发了全自动高通量测序数据库构建仪，将工作时间从12小时缩短到2小时。接下来是排序。阿里达摩研究所负责计算测序产生的海量数据(603138)，将病毒检测的整体速度从几个小时缩短到半个小时，将病毒拼接的速度从30-60分钟缩短到15-30分钟。

之前，阿里达摩学院和杰毅生物在各自的领域都有自己的计划。现在，如果三家公司合作，他们必须不断改进。

顾斐表示，三方的方案已经统一，但需要更多的数据支持，系统仍在优化中。

顾斐向《今日经济》记者举了一个例子，“以前疾控中心有自己的全基因组测序计划和一套实验准备标准。目前，三方应协调选择哪种试剂，是在两端还是在一端检测基因，以及样品的浓度。起初，这些并不统一。”。

在比较浙江省疾控中心原有的基因检测模式和新的模式时，顾斐说:“在以前的方式中，有些过程需要人工操作，比如将数据从一台机器手动复制到另一台机器上进行下一步操作，检测时间应该以天为单位计算。现在，有了新的平台，机器之间的数据可以直接传输，通过算法的优化，整个检测时间缩短到十几个小时。

“我希望更多地关注基因研究的子方向”

战争的“流行病”还没有结束，但它给人工智能企业带来了新思维。《今日北京商报》记者注意到，该行业代表性企业的支持主要集中在人工智能温度测量、机器人(300024)咨询、无人送货等方面。没有像阿里达摩医院那样的临床指导。

杭州电子大学副教授徐伟栋表示，当代人工智能几乎等同于机器学习，甚至是深度学习。在机器学习领域，最大的成本和障碍不在于算法，而在于足够的训练样本。在基因领域，医学和生物学的最大成本和障碍不在于计算(除了基因测序)，而在于基因和蛋白质组学结果与临床结果的结合，需要大量的临床试验，这些试验缓慢、昂贵，甚至涉及伦理困境。

针对基因方向，中国人工智能学会会员张晓容认为，人工智能大致有三个阶段，即基因预测、器官重建和基因编辑。目前，企业的研究和探索主要处于第一阶段，突破这一阶段可能需要很长时间，需要大量的投资。一方面，人工智能基因领域的相关人才很少；另一方面，回报是不可预测的，商业化是困难的。

在谈到此次疫情对人工智能企业的意义时，顾斐直言不讳地表示:“阿里达摩研究所的基因研究将进一步扩大，然后我希望招聘更多的专业人士。”。

顾斐已经考虑了三四个分方向，比如蛋白质结构预测和制药。原因是“这些指导更具临床意义，将会有真正的帮助。”。现在许多机构正在根据新型冠状病毒的结构筛选药物。事实上，阿里达摩研究所也在做这项工作。